"Neo" takma ismiyle anılan filmin başrol oyuncusu, bu sistemin içinde, büyük bir yazılım şirketinde bir bilgisayar programcısıdır. Burada yaşadığı ve 20. yüzyılın son yıllarında geçen hayatının gerçek olduğunu zannetmektedir. Halbuki gerçek bedeni 2199'lu yıllarda içi sıvı dolu, dışı zarla kaplı kapsül benzeri bir mekanda tutulmaktadır. Burada kendisine ne gösterilirse onu görmekte, ne hissettirilirse onu yaşamaktadır. Aslında bedeni çok farklı bir ortamda ve zamanda olmasına rağmen, kendisini şehir kalabalığı içinde işine gidip gelen, bilgisayar programlarıyla uğraşan bir kimse olarak düşünmektedir. Kısacası "Matrix" denilen yapay bir dünyada, kendini gerçek bir hayat yaşıyor zannetmektedir.
Gerçeklerin -Neo'nun hayali bir dünyada yaşadığının- farkında olan "Morpheus" adındaki karakter, film boyunca Neo'ya gerçekleri anlatmaktadır. Örneğin ona şimdiye kadar gördüğü, duyduğu, kokladığı, tadını aldığı, hissettiği şeylerin fiziksel bir gerçekliğinin olmadığını; bunların, beyninin içinde kendisine gösterilen hayali görüntüler olduğunu delilleriyle açıklamaktadır. İlerleyen bölümlerde filmin karakterleri arasında geçen, bu yöndeki konuşmalardan örnekler verilecektir.